Seksi Pendidikan Madrasah mempunyai tugas melakukan pelayan dan bimbingan di bidang kurikulum, ketenagaann dan kesiswaan, sarana, kelembagaan dan ketatalaksanaan, supervisi serta evaluasi pada Raudhatul Athfal, Madrasah lbtidaiyah, Tsanawiyah, dan Madrasah Aliyah. Dari uraian tugas tersebut seksi ini mengemban misi untuk meningkatkan kualitas Raudhatul Athfal, Madrasah lbtidaiyah, Tsanawiyah, dan madrasah Aliyah di Kabupaten Batang.
Banyaknya jumlah lembaga yang berada di bawah koordinasinya mengharuskan seksi ini bekerja extra keras untuk membangun sinergi bersama. Di Kabupaten Batangjuga terdapat 4 Madrasah Negeri yaitu: MAN Batang, MTsN Subah, MIN Bandar dan MIN Kalibalik. Kabupaten Batang pada tahun ini memdapatkan peringkat ke tiga tingkat nasional atas prestasi dan jasanya dalam memajukan pendidiikan agama dan pendidikan keagamaan.
Seksi ini juga terus melakukan perbaikan alam menjalankan tugasnya untuk melakukan monitoring BOS maupun BSM. Penyaluran tunjangan profesi baik bagi guru PNS maupun Non PNS diupayakan dipercepat, tidak lagi setahun sekali. Hal ini dilakukan guna memenuhi hak penerima guna meningkatkan prestasi dan kinerja mereka. Secara rutin diadakan Porseni bekerja sama dengan KKM guna mengembangkan bakat siswa madrasah agar dapat berprestasi ditingkat lokal,regional, maupun Nasional serta Internasional.