Seksi ini mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pendidikan keagamaan, pendidikan diniyah, pendidikan salafiyah, kerja sama kelembagaan dan pengembangan pondok pesantren, pengembangan santri dan pelayanan pondok pesantren pada masyarakat.
Guna mensukseskan pelaksanaan wajib belajar pendidikan dasar 9 tahun, seksi ini terus menfasilitasi dan memdorong pondok pesantren agar juga menyelenggarakan program wajar dikdas. Tercatat PPS wajar dikdas di lingkungan Kemenag Batang. Seksi ini juga secara aktif mendukung peningkatan kualitas Madrasah Diniyah, Taman Pendidikan Al Qur'an dan Pondok Pesantren. Dukungan juga dilakukan kepada Forum Komunikasi Diniyah Takmiliyah (FKDT) dan Bakqo TPQ.
Juga mengembangkan minat, bakat, kemampuan dan silaturrohim para santri, diselenggarakan pula kegiatan kemah santri, Pospeda (Pekan Olah Raga dan Seni Pondok Pesantren Daerah) serta Musabaqoh Qiroatil Kutub (MQK) sebagai ajang seleksi untuk event serupa ditingkat selanjutnya. Pembinaan kepaga penyelenggaran maupun sanytri pondok pesantren diorientasikan kepada sanitasi dan kesehatan di lingkungan pondok pesantren dan pengembangan kewirausahaan santri.