Seks ini mempunyai tugas melaksanakan pelayanan, bimbingan, pembinaan, dan pengelolaan sistem informasi di bidang Pendidikan Agama Islam.
Pelaksanaan pelayanan ini meliputi sekolah Pendidikan Aanak Usia Dini (PAUD), Taman Kanak-kanak (TK), Sekolah Dasar(SD)/Sekolah Dasar Luar Biasa (SDLB), Sekolah Menengah Pertama(SMP)/Sekolah Menengah Pertama Luar Biasa (SMPLB), Sekolah Menengah Atas (SMA)/ Sekolah Menengah Atas Luar Biasa (SMALB), dan Sekolah Menengah Kejuruan dan evaluasi dan penyusunan laporan di bidang pendidikan agama islam.
Penyaluran tunjangan profesi baik bagi guru PNS maupun Non PNS diupayakan dipercepat, tidak lagi setahun sekali. Hal ini dilakukan guna memenuhi hak penerima guna meningkatkan prestasi dan kinerja mereka.